公司扣除工资作为年终奖，需符合公司规章制度且合法。依据《劳动法》，若违法扣除，将损害劳动者权益，可能导致劳动纠纷及法律后果。
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公司扣年终奖若不合法，劳动者可通过协商、投诉、调解、仲裁、诉讼等方式维权。选择时应考虑效率、成本及自身情况，优先协商，无果后依次采取其他措施。
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公司扣工资作年终奖需合法。处理方式：1.与公司协商，要求解释扣款原因；2.若协商无果，向劳动行政部门投诉，寻求官方介入；3.或申请调解，通过第三方调解解决；4.仍无法解决，申请劳动仲裁，由仲裁委员会裁决；5.对裁决不服，可向法院提起诉讼，维护自身权益。