首先，停工留薪期已过未提交申请仍可补救。其次，依据《工伤保险条例》等相关法律，若公司停工留薪期不给工资，可向劳动行政部门投诉，责令其支付。未及时处理可能导致权益受损，面临经济损失。
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常见处理方式有投诉、调解、仲裁三种。从法律角度来说，向劳动行政部门投诉是行政手段；向有关组织申请调解是和解方式；向劳动仲裁委员会申请仲裁是法律途径。可根据实际情况选择，建议优先尝试和解，和解不成再考虑仲裁。
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可如下操作：1.向劳动行政部门投诉公司停工留薪期不给工资的行为。2.若希望快速解决，可向工会等组织申请调解，达成和解协议。3.如和解不成，直接向劳动仲裁委员会提起仲裁，通过法律途径维权。